Bình đựng tro cốt của Bá Đa Lộc hiện được lưu tại Pháp

Theo bài viết "Bá Đa Lộc, mộ ông hiện nay ở đâu?" của Vương Gia Bật, đăng tải trên Nam Phong tạp chí vào tháng 2 năm 1925[6] thì Giám mục Bá Đa Lộc được chôn lần đầu tại Nha Trang.

Tóm lược theo lời kể của tác giả bài viết:

Làng Ngọc Hội, cách thành phố Nha Trang ba cây số có một ngôi mộ và một cái miếu nhỏ. Hai bên miếu có khắc hai con rồng và hai câu đối bằng chữ Hán:

Minh tâm thù đại đức,Khắc cốt báo thâm ân.

Ở giữa đôi rồng có đề "Bá Đa Lộc chi mộ", cũng bằng chữ Hán. Và ở phía sau ngôi miếu này, có khắc một cây Thánh Giá. Ngay sau ngôi miếu là một bức bình phong. Mặt tiền bức bình phong có khắc hình hai con chim phượng, hai câu đối và mấy dòng chữ Hán:

Thượng đế nhơn từ cứu hạt Bá Đa Lộc linh hồn kim dĩ văn thế khiết thăng thiên quốc hưởng chân phước vô cùng.

Ở mặt hậu bức bình phong cũng có khắc hai câu đối và một bài thơ chữ Hán, theo thể thất ngôn luật Đường.

Sau khi Nam Phong tạp chí đăng tải nghi vấn trên, ngày 13 tháng 3 năm 1925, quan công sứ và linh mục nhà thờ Bình Can (Nha Trang) đã cho khai quật mộ để xét. Đào thấu bên dưới, thì chỉ góp nhặt được một ít xương mục, một cái hàm còn dính ba cái răng và hai, ba cái răng khác nữa đã rơi ra ngoài...

Đăng lại đoạn tin này, Phan Thứ Lang, tác giả Sài Gòn vang bóng, nêu giả thuyết:

Thời đó, Nguyễn Ánh còn phải chống đỡ nhà Tây Sơn, nên rất có thể sợ Tây Sơn có ngày chiến thắng, khiến ông phải bôn tẩu lần nữa. Vì vậy việc chôn cất Bá Đa Lộc phải giấu kín, cho làm đám tang Bá Đa Lộc thật lớn và cho dựng lăng ở Gia Định để đánh lạc hướng. Mãi đến năm 1925, người Pháp mới đem chút xương cốt còn lại của Ba Đa Lộc từ ngôi mộ thực ở Nha Trang về cải táng nơi lăng ở Gia Định.[7]